Bacteriën beschermen de huid tegen infecties en andere omgevingsfactoren. Tot het huiddarmbiota behoren, naast Staphylococcus epidermidis, de Propionibacteriën uit het geslacht Actinobacteria. Deze omvatten 16 soorten, die tot de natuurlijke microbiële huidflora behoren.

Het spijsverteringskanaal omvat daarentegen wel 500 tot meer dan 1000 verschillende soorten. De overgrote meerderheid, tot wel 90% van deze bacteriën behoort tot de stammen Bacteridetes, Proteobacteria, Actinobacteria en Firmicutes. Zij hebben vele taken zoals de kolonisatieweerstand tegen Salmonella, Shigella, Campylobacter of andere pathogene bacteriën via de productie van bacteriocine stoffen.

Reeds in de eerste weken na de geboorte wordt door Bifidobacteriën en Lactobacillen de kolonisatieresistentie verzorgt via aanzuring van het darmmilieu.

Een gezonde darmflora is voor mensen van onschatbare waarde. Ze verteert de niet enzymatisch verteerde voedselresten en vormt daaruit korteketenvetzuren zoals melk-, azijn-, propion- en boterzuur.

Afhankelijk van de verhouding aan Firmicutes en Bacteriodetes in het darmbiota kunnen verschillen in energieproductie vanuit het darmbiota optreden van meer dan 10%. Deze vetzuren dragen echter niet alleen bij aan de energieproductie, maar vormen ook de voornaamste energiebron voor enterocyten (cellen in de darmwand). Verder spelen zij een grote rol in de preventie tegen chronische ontstekingsreacties en darmkanker.

Andere bacteriën zoals een sub-type van Escerichia coli produceren grote hoeveelheden van het hormoon N-acylphosphatidylethanolamin (NAPE), waarvan de metabolieten eetlustremmend werken.

De darmflora is eveneens in staat verschillende soorten vitaminen te produceren. Het geslacht Bacteroides ondersteunt de biotinesynthese; Prevotella ondersteunt de thiaminesynthese (vitamine B1) en Ruminococcus versterkt de vorming van heemverbindingen en daarmee de bloedvorming. Andere bacteriesoorten produceren vitamine K.

De consistentie van de ontlasting wordt voor een groot gedeelte door bacteriën bepaald. Methaanproducerende bacteriën, zoals Methanobrevibacter smithii, leiden eerder tot een vaste consistentie, doordat methaan een remmende werking heeft op de motiliteit van het colon, met obstipatie tot gevolg. Bij een overwicht aan Bacteroides is de consistentie van de ontlasting eerder zacht, doordat deze de motiliteit stimuleren.

De darmbacteriën stimuleren daarnaast het immuunsysteem. Door de voortdurende interactie met bacteriën, schimmels, gisten, virussen, parasieten, hun stofwisselingsproducten, toxines, allergenen en voedingsantigenen, vormt de darm een groot deel van de aangeleerde immuniteit. Hiermee worden immunoregulatorische invloeden uitgeoefend op het lymfatisch systeem via T-lymfocyten en door de vorming van ontstekingsremmende interleukines IL-10.

De enorme diversiteit aan bacteriesoorten garandeert de stabiliteit van het darmbiota. Hoe groter deze soortenrijkdom of diversiteit, hoe stabieler dit ecosysteem is. Een verminderde diversiteit vergroot de gevoeligheid voor infecties met toxineproducerende soorten als Clostridium spp., vooral bij zuigelingen en oudere mensen.

80% van de darmflora van het colon wordt gevormd door 3 soorten bacteriën, de Bacteroïdes, Prevotella en Ruminococcus soorten. Uit onderzoek blijkt dat, ondanks een enorme variatie in de exacte samenstelling, bij ieder mens één van deze soorten dominant aanwezig is. We noemen dit het Enterotype:

Enterotype 1: de Bacteroïdes-dominantie, ziet men vaker bij overgewicht.
Type 1 wordt gekenmerkt door een dominantie aan Bacteroïdes, die via fermentatieprocessen boterzuur produceert. Dit type wordt geassocieerd met een dieet dat rijk is aan dierlijke proteïnes en vetten. Dit type komt vooral voor bij de westerse populatie.

Enterotype 2: Prevotella-dominantie, komt vaker voor bij darmziekten.
Bij type 2 domineert de soort Pervotella, die een grote rol speelt bij de afbraak van glycoproteïne in het darmslijmvlies. Dit type wordt bij bevolkingsgroepen aangetroffen die een groter aandeel koolhydraten en snelle suikers consumeren.

Enterotype 3: kenmerkt zich door Ruminococcus-dominantie en komt het vaakst voor.
De bacteriën bij type 3 bestaan voornamelijk uit Ruminococcus soorten, die de mucine, onderdeel van de beschermende mucuslaag in de darm, afbreekt met behulp van een koolhydraat dat via het voedsel in de darm aanwezig is. De darmen kunnen de brokstukken vervolgens als voedingsstoffen in het lichaam opnemen. Bij type 3 wordt een relatief hoog aandeel aan methaanproducerende bacteriën aangetroffen.

De bacterieflora die het enterotype karakteriseert is zeer stabiel qua samenstelling. Uit onderzoek blijkt dat een meerdaags sterk afwijkend dieet geen wezenlijke verandering laat zien op het enterotype. Het enterotype wordt ook niet beïnvloedt door BMI of leeftijd.