Een hormoon dat het baarmoederslijmvlies voorbereidt op de innesteling van een bevruchte eicel en maakt de borstklieren gereed voor melksecretie. Tijdens de tweede helft van de menstruatiecyclus is de progesteronproductie het hoogst. Tijdens deze fase gaat de lege follikel behalve progesteron ook oestrogeen produceren. Er kunnen rond deze tijd symptomen optreden premenstrueel syndroom (PMS), zoals gevoelige borsten, een opgeblazen gevoel, slaperigheid, neerslachtigheid en prikkelbaarheid. Geslachtshormonen, met name oestradiol en progesteron, blijken een rol te spelen bij de pijnperceptie.

De waarde van progesteron is, net als oestradiol, afhankelijk van de menstruele cyclus en leeftijd. Let op bij gebruik van hormoonvervangende middelen, deze maken de uitslag van het onderzoek onbetrouwbaar.